Ngày 01/4/1956, Trường sơ cấp Lái tàu được thành lập tại Nhà máy nước đá, đường Cù Chính Lan Thành phố Hải Phòng (nay là trụ sở của Công ty vận tải thủy số 3). Đồng chí Kiều Công Quế, giám đốc Cảng Hải Phòng, kiêm Hiệu trưởng; đồng chí Nguyễn Văn Quế làm Phó Hiệu trưởng thường trực. Khóa đầu có 120 học sinh.

Ngày 01/7/1956, tại số 5 Bến Bính Trường sơ cấp Máy tàu được thành lập. Đồng chí Nguyễn Văn Tiên làm Hiệu Trưởng. Đầu năm 1957, sáp nhập Trường Sơ cấp Lái tàu và Trường Sơ cấp Máy tàu thành trường Sơ cấp Hàng hải, trụ sở tại số 5 Bến Bính Hải Phòng. Đồng chí Nguyễn Văn Tiên được bổ nhiệm quyền Hiệu trưởng.

Trường Sơ cấp Hàng hải được thành lập trên cơ sở sáp nhập Trường Sơ cấp Lái tàu và Trường Sơ cấp Máy tàu, trụ sở tại số 5 Bến Bính, Hải Phòng.

Đến tháng 9/1957, Trường mở thí điểm lớp Trung cấp Hàng hải 7+2, khóa đầu tiên có 13 sinh viên ngành Lái tàu và 15 sinh viên ngành Máy tàu.

Từ năm 1957-1959, Trường tổ chức khóa thí điểm của hệ tại chức với 12 sinh viên ngành Lái tàu. Sau này, những sinh viên này trở thành trụ cột và có nhiều đóng góp cho lịch sử phát triển ngành Hàng hải nước nhà.

Tháng 9/1959, Trường Sơ cấp Hàng hải được nâng cấp lên thành Trường Trung cấp Hàng hải trực thuộc Tổng cục Giao thông thủy bộ; trụ sở Nhà trường được chuyển từ nhà số 5 Bến Bính về đặt tại số 8 Trần Phú, Hải Phòng. Thầy Lê Văn Cường được bổ nhiệm làm Hiệu trưởng, đồng thời giữ chức Bí thư Đảng ủy; Thầy Nguyễn Văn Tiên làm Phó Hiệu trưởng; sau Thầy Lê Văn Cường, lần lượt có các Thầy Đặng Văn Qua, Thầy Đào Văn Quang giữ chức vụ Hiệu trưởng.

Nhà trường thành lập thêm bộ phận Điện tàu thủy thuộc Ban Máy tàu thủy, tạo cơ sở và điều kiện để thành lập Khoa Điện tàu thủy sau này.

Năm 1960, Trường được tiếp nhận một tàu huấn luyện với công suất 80CV để làm phương tiện thực tập, đồng thời Nhà trường cũng mời được các chuyên gia Liên Xô, Trung Quốc sang giúp về chương trình đào tạo và bồi dưỡng giáo viên.

Năm 1961, Trường đổi tên thành Trường Hàng hải, trụ sở làm việc đặt tại nhà số 8 Trần Phú, Hải Phòng.

Tháng 5/1962, Trường thành lập Ban Điện tàu thủy do Thầy Phan Xuân Ngọc làm Trưởng ban. Trường chuyển trụ sở từ số 8 Trần Phú về tiếp quản Trường Học sinh Miền Nam số 19 và 21 khu vực Cầu Rào.

Tháng 01/1963, Trường đón đoàn chuyên gia Liên Xô gồm 4 người thuộc các chuyên ngành: Kinh tế vận tải, Hàng hải, Máy tàu, Điện tàu thủy sang giúp về bồi dưỡng giáo viên và xây dựng mục tiêu đào tạo. Năm 1965, Trường sơ tán về các xã ngoại thành thuộc huyện Tiên Lãng, Hải Phòng; thành lập Ban Vỏ tàu thủy do Thầy Nguyễn Văn Phiêu phụ trách; mở thêm lớp Sơ cấp Thương vụ, Sơ cấp Hàng Giang học 18 tháng; mở thí điểm lớp đại học tại chức các ngành Hàng hải như: Lái tàu, Máy tàu, Điện tàu thủy (gọi là lớp đại học chống Mỹ).

Đến năm 1966, chính thức thành lập Khoa Đại học Hàng hải tại huyện Quỳnh Phụ, tỉnh Thái Bình, Thầy Nguyễn Minh Thuyết phụ trách ngành Lái tàu; Thầy Nguyễn Diên Niên phụ trách ngành Máy tàu thủy; Thầy Phan Xuân Ngọc phụ trách ngành Điện tàu thủy.

Năm 1968, Trường Hàng hải mở thêm lớp đào tạo giáo viên ngành Hàn tàu.

Năm 1970, hợp nhất các Tổ Vỏ tàu, Hàn tàu, Sửa chữa máy thành Ban Cơ khí thủy.

Giai đoạn 1971 - 1975, Trường Hàng hải chuyển về địa điểm 338 Lạch Tray (Cầu Rào) chuẩn bị cho bước phát triển mới. Từ tháng 12/1973, chính thức đào tạo hệ đại học các chuyên ngành Hàng hải (Điều khiển tàu biển, Máy tàu biển và Điện tàu thủy).

Phân hiệu Đại học Giao thông đường thủy được thành lập theo Quyết định số 115/CP ngày 23/7/1968 của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở tách các ngành Cơ khí thủy, Công trình thủy, Vận tải thủy của Trường Đại học Giao thông vận tải và nhập Khoa Đại học Hàng hải của Trường Hàng hải. Thầy Vũ Lăng được bổ nhiệm làm Hiệu trưởng Phân hiệu.

Năm 1973, Trường được Chính phủ giao đào tạo 10 ngành học: Vỏ tàu, Máy tàu thủy, Máy xếp dỡ, Công trình thủy, Điện thiết bị tàu thủy, Kinh tế biển, Kinh tế sông, Lái tàu, Máy sử dụng tàu thủy và Điện sử dụng tàu thủy.

Tháng 4/1974, chuyển toàn bộ Khoa Hàng hải của Phân hiệu Đại học Giao thông đường thủy về Trường Hàng hải và bắt đầu xây dựng mọi điều kiện cơ sở vật chất, nguồn lực để thành lập Trường Đại học Hàng hải vào năm 1976.

Trong giai đoạn 1974 -1976, Thầy Đỗ Viết Sử được giao quyền Hiệu trưởng, Thầy Hoàng Văn Nhuận làm Bí thư Đảng ủy Nhà trường.

Ngày 27/10/1976: Nâng cấp Trường Hàng hải thành Trường Đại học Hàng hải, trụ sở tại số 338 Lạch Tray, Hải Phòng.

Thầy Trần Thiện, Vụ trưởng Vụ Giáo dục, Bộ Giao thông vận tải kiêm Hiệu trưởng Nhà trường; Thầy Trần Ngọc Ân làm Bí thư Đảng ủy. Trường thành lập Khoa Tại chức - Bổ túc, mở lớp bồi dưỡng sĩ quan cấp trưởng, mở thêm ngành Điện tàu thủy.

Tháng 01/1977, Bộ Giao thông vận tải bổ nhiệm Thầy Trần Hữu Nghị làm Trưởng khoa Máy tàu; Thầy Nguyễn Hữu Lý làm Trưởng khoa Lái tàu; Thầy Phan Xuân Ngọc làm Trưởng khoa Điện tàu thủy.

Tháng 4/1979, Thầy Lê Đức Toàn được bổ nhiệm làm Hiệu trưởng.

Ngày 18/9/1979, Phân hiệu Đại học Giao thông đường thủy được Hội đồng Chính phủ quyết định chuyển thành Trường Đại học Giao thông đường thủy (QĐ 3301/HĐCP), Thầy Hoàng Văn Bộ được Bộ Giao thông vận tải cử làm Hiệu trưởng Nhà trường. Giai đoạn 1981-1984, Thầy Nguyễn Văn Nhị thay Thầy Hoàng Văn Bộ làm Hiệu trưởng.

Ngày 02/3/1984, Bộ Giao thông vận tải ra Quyết định số 419/QĐ/TCCB sáp nhập Trường Đại học Giao thông đường thủy vào Trường Đại học Hàng hải. Trường Đại học Hàng hải giữ nguyên phiên hiệu, con dấu và tài khoản; Thầy Lê Đức Toàn được bổ nhiệm làm Hiệu trưởng.

Ngày 03/7/2013, theo Quyết định số 1056/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, Nhà trường chính thức đổi tên thành Trường Đại học Hàng hải Việt Nam;

Ngày 22/8/2013, Nhà trường vinh dự được Thủ tướng Chính phủ bổ sung vào danh sách các trường Đại học định hướng xây dựng thành trường đại học trọng điểm của cả nước, đánh dấu bước phát triển mới của Trường Đại học Hàng hải Việt Nam.

Ngày 23/11/2022: Bộ Chính trị ban hành Nghị quyết số 30-NQ/TW về phát triển kinh tế - xã hội và bảo đảm quốc phòng, an ninh vùng đồng bằng sông Hồng đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045, trong đó xác định “… xây dựng Trường Đại học Hàng hải Việt Nam là trường trọng điểm quốc gia, nghiên cứu, đào tạo phục vụ phát triển bền vững kinh tế biển…”.

Ngày 27/02/2025: Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 452/QĐ-TTg phê duyệt Quy hoạch mạng lưới cơ sở giáo dục đại học và sư phạm thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050, trong đó nêu rõ “… đầu tư xây dựng Trường Đại học Hàng hải Việt Nam là trường trọng điểm quốc gia, đạt trình độ ngang bằng các nước phát triển trong khu vực về các ngành khoa học, kỹ thuật và công nghệ phục vụ phát triển kinh tế biển…”.

Ngày 05/9/2025: Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 1901/QĐ-TTg về việc phê duyệt Đề án xây dựng Trường Đại học Hàng hải Việt Nam là trường trọng điểm quốc gia về đào tạo, nghiên cứu phục vụ phát triển bền vững kinh tế biển giai đoạn đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045.